Inaugurado em 1979, o Museu Anchieta tem como missão resgatar a memória e importância do local, que foi escolhido pelos Jesuítas para a fundação da cidade, em 1554. As peças do museu (em sua maioria de arte sacra), compreendem desde o século XVI ao XX, do antigo Colégio de São Paulo, incluindo uma parede de taipa de pilão do séc. XVI. Além disso, o museu possui peças indígenas, sendo considerado um local de muita referência em São Paulo devido ao grande acervo.
Localizado dentro do Pateo do Collegio, o Museu Anchieta é composto por cerca de 700 objetos, que integram as coleções, hoje expostas em seis salas. Além disso possui uma cripta, uma sala com amplo acervo de relíquias de Santos e Mártires da Igreja Católica, como o fêmur do José de Anchieta e também conta com uma maquete que situa o visitante a saber como era o local antigamente.
A bilheteria funciona de terça a domingo das 9h00 às 16h00.
A capacidade máxima de visitantes no interior do museu é limitada a 18 pessoas, divididas em dois grupos de 9 pessoas, cada um será acompanhado por um monitor.